Từ sau năm 1975, Hội thánh Tin Lành ở miền Bắc chỉ hoạt động cầm chừng, lại bị lâm vào khủng hoảng vì thiếu nhân sự kế thừa. Đến năm 2004, sau 20 năm không tổ chức đại hội, Đại hội đồng lần thứ 32 được triệu tập mở ra một giai đoạn mới cho giáo hội với sự phát triển nhiều giáo đoàn trong vòng người dân tộc ở miền núi phía Bắc. Tầm hoạt động của giáo hội cũng mở rộng ở hơn 20 tỉnh, thành phố từ Quảng Bình trở ra.[56] Vùng Tây Bắc có khoảng 135.000 người Mông, và khoảng 2.500 người Dao trở thành tín hữu Kháng Cách.[66]

Tại miền Nam, Hội thánh Tin Lành chưa được nhà nước Việt Nam công nhận.[56] Hội đồng Tổng Liên hội lần thứ 42 tổ chức tại Thành phố Hồ Chí Minh vào tháng 6 năm 1976[67] bầu Mục sư Ông Văn Huyên vào chức vụ Hội trưởng,[67] ông tiếp tục lãnh đạo giáo hội cho đến khi từ trần trong tháng 7 năm 1999.

Năm 1992-94, chính phủ Việt Nam cho phép nhập 33 000 Kinh Thánh và 20 000 Thánh ca, rồi cấp phép ấn hành 85 000 quyển Kinh Thánh toàn bộ (Cựu Ước và Tân Ước), 65 000 Kinh Thánh Tân Ước, 25 000 Thánh ca, và 120 000 quyển Truyện tích Kinh Thánh.[67]

Tháng 2, 2001, Đại hội đồng lần thứ 43 tổ chức tại Thành phố Hồ Chí Minh[68] thông qua bản Hiến chương mới, và bầu Mục sư Phạm Xuân Thiều làm Hội trưởng. Các hoạt động của giáo hội dần được phục hồi và phát triển với khoảng 600 000 tín hữu (năm 2009) ở 34 tỉnh, thành phố từ Quảng Trị trở vào.[56][69] Về đào tạo, Viện Thánh Kinh Thần học được mở lại từ năm 2003[70] với cơ sở mới đang được hoàn thành tại Quận 2, Thành phố Hồ Chí Minh.[71]

Trong tháng 6 năm 2011, Lễ Kỷ niệm 100 năm Tin Lành đến Việt Nam lần lượt được tổ chức tại Đà Nẵng, Hà Nội, và Thành phố Hồ Chí Minh.[56][72]

Ngoài ra, có khoảng gần 5 000 người nước ngoài sinh sống ở Hà Nội và Thành phố Hồ Chí Minh đang sinh hoạt tại các nhà thờ Kháng Cách trong khu vực, đông nhất là người Hàn Quốc với 1 giáo đoàn ở Hà Nội, 2 giáo đoàn Báp-tít và 2 giáo đoàn Trưởng Lão ở Thành phố Hồ Chí Minh. Tại thành phố này còn có Hội thánh New Life Fellowship dành cho người Mỹ, và một số nhóm của người Úc, và người Đức.[7]